Bacteria Fighters'ı tek klavyede iki kişi oynuyor ve maçlar çok hızlı geçiyor. Biri yeşil, biri kırmızı iki bakteri, ortalıktaki en güçlü mikrobun hangisi olduğunu belirlemek için karşı karşıya geliyor.
Her bakterinin, ekranın kendi tarafında gösterilen bir güç çubuğu var. Bir bakteri diğerini yakaladığında rakibinin gücünü emer ve kendi gücüne ekler. Gücü ilk biten bakteri turu kaybeder. Yani oyun boyunca sürekli avcı ile av arasında gidip gelirsin: rakibini yakalamak için peşine düş, ama dikkatli ol, çünkü o da aynı anda seni yakalamaya çalışıyor.